区块链产业学院建立了由学校、行业企业、政府多方参与的理事会及专家指导委员会。理事会行使产业学院重大事项决策权，其基本管理架构如图。

产业学院实行院长负责制，设院长一名，副院长若干名。院长负责总体管理工作，主持产业学院的发展战略、队伍建设、研究方向等规划设计工作；决定教学、科研和行政管理工作有关事项的决策；组织拟定和实施学院发展规划、基本管理制度、重要行政规章制度等事务；负责学院教师队伍建设；组织拟定和实施经费预算；开展教学、科研和成果转化等活动；组织学院对外交流与合作等。专家指导委员会由学术界、企业界和政府部门的知名专家、领导担任。产业学院下设职能部门：教务部、科研部、财务部、办公室、教学指导委员会，并具备完善的人事、财务、分类管理及考核等相关制度。